Vườn quốc gia Côn Đảo nằm ở trung tâm quần đảo Côn Đảo là một quần đảo ngoài khơi cách bờ biển nam Việt Nam khoảng 80 km. Quần đảo gồm 14 đảo nhỏ, đảo lớn nhất là Côn Sơn. Địa hình đảo Côn Sơn là vùng đồi núi, ưu thế bởi các dãy đá granit chạy từ phía tây nam đến đông bắc, che chở cho các vùng vịnh của đảo cả về hai phía khỏi những luồng gió mạnh. Những điểm cao nhất trên đảo là đỉnh Núi Thánh Giá và Núi Chúa, có độ cao 577 m và 515 m. Điểm cao nhất trên các đảo nhỏ là 200 m. Tuy nhiên, phần lớn vùng nước biển xung quanh các đảo chỉ sâu không quá 30m.

Trên cả quần đảo Côn Đảo, các dòng suối chỉ có nước theo mùa. Lượng nước dư thừa vào mùa mưa, nhưng trong thiếu nghiêm trọng trong mùa khô. Chỉ có trên đảo Côn Sơn là có 3 hồ chứa nước mưa để cấp nước cho nhân dân vào mùa khô.

Quần đảo Côn Đảo nằm ở vùng giao nhau giữa hai luồng hải lưu: luồng hải lưu ấm từ phía nam và luồng hải lưu lạnh từ phía bắc.

Đảo Côn Sơn và nhiều đảo nhỏ khác thuộc quần đảo này đều có rừng. Theo dự án đầu tư đã được chỉnh lý thì Vườn quốc gia có 4.095 ha rừng, bằng 81% tổng diện tích đảo nổi thuộc khu bảo tồn. Hiện nay, đã ghi nhận 1.077 loài thực vật có mạch.

Một đặc điểm nổi bật của khu hệ thực vật Côn Đảo là tại đây có 44 loài thực vật lần đầu tiên được mô tả tại các đảo. Nhiều loài mang tên các địa danh của vùng như Dầu côn sơn Dipterocarpus condorensis, Bùi côn sơn Ilex condorensis, Đọt dành côn sơn Pavetta condorensis và Lấu côn sơn Psychotria condorensis (Anon. 2009).

Đến nay đã ghi nhận được 29 loài thú, 85 loài chim và 46 loài bò sát, ếch nhái tại Vườn quốc gia. Mặc dù số lượng loài tương đối thấp nhưng mật độ cá thể lại thường cao, một số loài và phân loài đặc hữu cho vùng như Sóc đen Côn sơn Ratufa bicolor condorensis. Khu hệ chim Côn Đảo còn chưa được được nghiên cứu đầy đủ. Tuy nhiên, có nhiều loài chim ở Côn Đảo không tìm thấy ở bất kỳ một nơi nào khác ở Việt Nam như loài Bồ câu nicoba Caloenas nicobarica, Chim nhiệt đới Phaethon aethereus, Chim điên mặt xanh Sula dactylatra và Gầm gì trắng Ducula bicolor.

Hệ sinh thái biển Vườn quốc gia có rừng ngập mặn, các rạn san hô và cỏ biển. Rừng ngập mặn có khoảng 31 ha với 46 loài thực vật phân bố xung quanh Hòn Ba, dọc bờ biển phía tây Hòn Bảy Cạnh và dọc theo bờ biển phía nam, phía bắc của đảo Côn Sơn. Các rạn san hô ở Côn Đảo thuộc loại cổ xưa nhất ở Việt Nam, phân bố tại khu vực nước nông xung quanh các đảo, chiếm tổng diện tích khoảng 1,000 ha. Các rạn san hô ghi nhận mức độ đa dạng sinh học cao với 270 loài đã được ghi nhận trong vùng. Các cuộc điều tra của Viện Hải dương học Nha Trang đã ghi nhận có 1.323 loài động thực vật biển, trong đó có 44 loài ghi trong Sách đỏ Việt Nam. Với 153 loài nhuyễn thể ghi nhận được, chứng tỏ sự đa dạng của nhóm nhuyễn thể tại đây cao hơn bất kỳ mọi đảo khơi khác ở Việt Nam (ADB, 1999). Côn Đảo có khoảng 500 ha cỏ biển nơi tồn tại quần thể nhỏ của loài thú biển bị đe doạ tuyệt chủng trên toàn cầu là loài Bò biển Dugong dugon, ước tính số lượng có khoảng 12 cá thể (Anon. 2009).

Vườn quốc gia Côn Đảo là nơi làm tổ quan trọng của loài Vích Chelonia mydas và Đồi mồi Eretmochelys imbricata, hai loài rùa biển đang bị đe dọa tuyệt chủng trên toàn cầu (Nguyễn Thị Đào, 1999). Hàng năm, khu vực đã ghi nhận được hơn 250 (đến 350) cá thể cái đến làm tổ sinh sản tại 14 địa điểm trong Vườn quốc gia với tổng số tổ lên đến hơn 1.000 tổ. Gần 80% các tổ được làm trong thời gian từ tháng 6 đến tháng 9 (Nguyen Truong Giang, 1998). Ngoài ra, một số các loài động vật biển có vú cũng đã được ghi nhận tại Vườn quốc gia Côn Đảo (Anon. 2009).

Download tài liệu RIS Côn Đảo Việt Nam