Thời tiết ở Côn Đảo được chia thành 2 mùa là mùa mưa từ tháng 5 đến tháng 11 và mùa khô từ tháng 12 đến tháng 4 năm sau. Nhiệt độ trung bình năm ở Côn Đảo là 26,9 độ C. Nhiệt độ nước biển khoảng 25,7 °C đến 29,2 °C.

Thời gian từ ra tết đến hết mùa hè, từ tháng 3 đến hết tháng 9 là thời gian tốt nhất để đi du lịch Côn Đảo. Tuy nhiên, từ tháng 10 đến tháng 2, mặc dù vùng biển Côn Đảo thường có sóng lớn nhưng vì thời gian này là mùa khô nên luôn có ánh nắng chan hòa và cũng là thời gian đáng để đến Côn Đảo.

Tháng 3 đến hết tháng 9 là thời gian biển êm, dù là mùa mưa nhưng các trận mưa ở Côn Đảo chủ yếu là mưa rào kéo dài không quá 1h đồng hồ, các thời gian khác trong ngày vẫn có ánh nắng chan hòa. Thời gian này thích hợp cho các tour tham quan trên biển, lặn ngắm san hô và khám phá đảo hoang. Đây cũng là mùa rùa từ khắp nơi về Côn Đảo đẻ trứng.

Tháng 10 đến hết tháng 2, do ảnh hưởng gió Đông Bắc, vùng biển của Vịnh Côn Sơn thường có sóng lớn nhưng mặt ở phía Tây và Tây Nam mặt biển vẫn ềm đềm và ít chịu tác động của sóng gió.

Thời gian đi du lịch Côn Đảo từ tháng 10 đến tháng 2 năm sau. Đây là khoảng thời gian có gió mùa Đông Bắc, vùng biển Vịnh Công Sơn thường có sóng lớn, nhưng vùng biển phía Tây và phía Tây Nam vẫn êm và ít bị ảnh hưởng bởi sóng gió. Do đó, bạn có thể tới bãi biển Đầm Trâu để tắm biển hoặc thuê thuyền khám phá hòn Tre Lớn và hòn Tre Nhỏ, đây là hai hòn đảo vẫn còn vẻ đẹp hoang sơ và là nơi có rất nhiều rạn san hô và cá đầy màu sắc. Các bạn có thể đi dạo bộ hay đi xe đạp rất lý tưởng để vừa ngoạn cảnh vừa thả hồn thư giãn trong khung cảnh thanh bình yên tĩnh.