Khu biệt lập Chuồng Bò hình thành năm 1876 cùng với các khu khác phục vụ cho bộ máy cai trị tù như: Khu trại lính, khu y tế, khu sở lưới và cầu tàu, khu công trường xây dựng….

Khu biệt lập Chuồng Bò còn có tên gọi khác : “Sở củi – Chuồng Bò”, “Sở Rẫy – Chuồng Bò”, “Sở hướng nghiệp”.

Theo tài liệu, vào những năm cuối thể kỷ thứ 19, sở Chuồng Bò là nơi chăn nuôi bò sữa, heo, gà, vịt, bồ câu,….

Thời thực dân Pháp, Chuồng Bò có 09 phòng giam để tạm giam tù nhân ở sở này. Nằm kề bên là 24 hộc nuôi heo và đối diện là 2 chuồng nuôi Bò và 1 hầm chứa phân, nước thải từ chuồng nuôi Bò.

Sang thời Mỹ – ngụy, khoảng cuối năm 1969 địch đã đưa tù chính trị chống chào cờ bị còng xiềng cấm cố lâu ngày bị teo cơ bại liệt về giam ở đây.

Sau khi chuồng Cọp bị phát hiện, Chuồng Bò được gấp rút sửa chữa, dẹp bỏ 24 hộc chứa heo và xây dựng lại gồm 3 khu: A, B, C. Tổng cộng có 33 phòng biệt giam.

Phát huy truyền thống đấu tranh kiên cường, lực lượng tù bại liệt tiếp tục đấu tranh chống chào cờ, chống nội quy khắc nghiệt của nhà tù. Sau cuộc đấu tranh đó, tù nhân bị đánh đập, bỏ đói, bỏ khát trong nhiều tháng.

Từ năm 1973, Chuồng Bò là văn phòng của tiểu Ban điều tra khai thác thuộc Ban chuyên môn. Những người tù bị tình nghi trong hoạt động đấu tranh bị đưa về đây để khai thác. Ban chuyên môn áp dụng nhiều hình thức điều tra tàn bạo như đánh đập bằng củi đòn, nẹp 2 thanh tre vào ống chân…nhiều tù nhân đã bị bại liệt, tàn phế bởi đòn tra tấn và chế độ đày ải ở Chuồng Bò.

Đây cũng là trại giam mở cửa giải phóng cuối cùng kết thúc 113 năm “Địa ngục trần gian Côn Đảo” vào khỏang 8 giờ sáng ngày 01/5/1975.

Di tích Khu biệt lập Chuồng Bò đã được, Bộ Văn Hóa – Thông Tin đã ra quyết định số 54-VHQĐ Đặc cách công nhận Khu di tích đặc biệt quan trọng của Quốc gia ngày 29/4/1979. Ngày 10/5/2012 Thủ Tướng chính phủ ra quyết định 548/ QĐTTg công nhận là Di tích Đặc biệt Quốc gia.